Sustav za elektroforezu sastoji se od dvije glavne komponente: napajanja i komore za elektroforezu. Napajanje opskrbljuje strujom. "Moć", u ovom slučaju, je struja. Električna energija koja dolazi iz izvora struje teče, u jednom smjeru, od jednog kraja komore za elektroforezu do drugog. Katoda i anoda komore su ono što privlači suprotno nabijene čestice.
Unutar komore za elektroforezu nalazi se tacna - točnije, tacna za lijevanje. Posuda za lijevanje sastoji se od sljedećih dijelova: staklena ploča koja se postavlja na dno posude za lijevanje. Gel se drži u posudi za lijevanje. "Češalj" izgleda kao i njegov naziv. Češalj se postavlja u utore na bočnoj strani posude za lijevanje. Stavlja se u utore PRIJE izlijevanja vrućeg, otopljenog gela. Nakon što se gel skrutne, češalj se izvadi. "Zubi" češlja ostavljaju male rupice u gelu koje nazivamo "jažice". Jažice se prave kada se vrući, otopljeni gel stvrdne oko zubaca češlja. Češalj se izvlači nakon što se gel ohladi, ostavljajući jažice. Jažice pružaju mjesto za postavljanje čestica koje želite testirati. Osoba mora biti vrlo oprezna da ne poremeti gel prilikom umetanja čestica. Pucanje ili lomljenje gela vjerojatno će utjecati na vaše rezultate.